El  Consejo Interuniversitario Nacional fue creado el 20 de diciembre de 1985. Desde entonces nuclea a las Universidades Nacionales que voluntariamente y  en  uso de  su  autonomía  se adhirieron a él, como  organismo coordinador de políticas universitarias.

La máxima autoridad del CIN es el Plenario de Rectores. Se reúne cada seis meses en sesión ordinaria. El Rector de la Universidad elegida para ser sede de esa reunión, preside el organismo.