En el marco del Art. 24° de su Estatuto, se constituyen las Comisiones Permanentes en el Consejo Interuniversitario Nacional (CIN), entre las que se distribuye el estudio de los temas que les asigna el Comité Ejecutivo y la dependencia de las redes interuniversitarias.
Las comisiones están integradas por los rectores de las instituciones miembros del CIN o quienes ellos designen. Así, cada comisión está presidida por un vocal del Comité Ejecutivo, y tiene un vicepresidente, también rector, elegidos ambos por el plenario para tales funciones.

Presidente
Mg. Alfredo Alfonso
Vicepresidente
Dr. Jerónimo Enrique Ainchil





Presidenta
Mg. Antonia Lidia Blanco
Vicepresidente
Ing. Agron. Oscar Alfonso Arellano





Presidente
CPN Víctor Moriñigo
Vicepresidente
Lic. Hugo O. Andrade




Presidente
Cr. Andrés Sabella
Vicepresidente
Dr. Guillermo Tamarit





Presidente
Lic. Pablo Domenichini
Vicepresidente
Mg. Ing. Agr. Mario Bonillo




Presidente
Ing. Hugo Santos Rojas
Vicepresidente
CPN Alfredo Lazzeretti





Presidente
Ing. Daniel Galli
Vicepresidenta
Mg. Agustina Rodríguez Saá




Presidenta
Dra. Adriana Esther Cecilia López
Vicepresidente
Ing. Jorge Calzoni


Presidente
Mg. Martín López Armengol
Vicepresidenta
Ing. Alicia Bohren


Presidente
Abog. Germán Oestmann
Vicepresidente
Dr. David Rivarola





Presidente
Lic. Franco Bartolacci
Vicepresidente
Ing. Rubén Soro


