En el marco del Art. 24° de su Estatuto, se constituyen las Comisiones Permanentes en el Consejo Interuniversitario Nacional (CIN), entre las que se distribuye el estudio de los temas que les asigna el Comité Ejecutivo y la dependencia de las redes interuniversitarias.

Las comisiones están integradas por los rectores de las instituciones miembros del CIN o quienes ellos designen. Así, cada comisión está presidida por un vocal del Comité Ejecutivo, y tiene un vicepresidente, también rector, elegidos ambos por el plenario para tales funciones.